โรคแพ้ภูมิตัวเอง อาการที่แตกต่างกันไปตามอวัยวะที่ถูกโจมตี

ความน่ากลัวของโรคแพ้ภูมิตัวเองคือ "ความหลากหลาย" เนื่องจากระบบภูมิคุ้มกันสามารถโจมตีได้ทุกส่วนในร่างกาย ตั้งแต่ผิวหนัง ข้อต่อ ไปจนถึงอวัยวะภายในที่สำคัญอย่างไตหรือปอด การสังเกตอาการจึงต้องอาศัยความละเอียดรอบคอบ เพราะแต่ละคนอาจแสดงอาการออกมาไม่เหมือนกันเลยแม้จะเป็นโรคชนิดเดียวกันก็ตาม

ความแตกต่างระหว่างการอักเสบทั่วไปกับอาการจากโรคแพ้ภูมิตัวเอง

สิ่งที่ทำให้โรคนี้แตกต่างจากการป่วยทั่วไปคือระยะเวลาและความรุนแรง อาการมักจะ "กำเริบ" และ "สงบ" สลับกันไป เช่น อาการปวดข้อที่จะรุนแรงมากในช่วงเช้าหลังตื่นนอน หรือการแพ้แสงแดดอย่างรุนแรงจนเกิดผื่นคัน หากปล่อยไว้โดยไม่ได้รับการรักษาที่ถูกต้อง การอักเสบเรื้อรังอาจนำไปสู่ความเสียหายถาวรของอวัยวะภายในได้